自然景区主要是指依托山、水、林、木等独特的自然环境及资源而开发成的景区，包括国家自然保护区、森林公园、地质公园、水利风景区等。其中，自然保护区可以分为科研保护区、国家公园 ( 即风景名胜区 )、管理区和资源管理保护区四类。需要注意的是有些自然保护区同时是森林公园，如湖南张家界森林公园。
现阶段我国自然保护区实行环保部部门综合管理和分部门管理相结合的管理体制，即统一监督管理与分类主管并存。国家环保部门（包括国家环保部、省环保厅、地方环保局、环保所、环境监测站、环保研究所等）负责全国自然保护区的综合管理协调；林业、农业、国土、水利、海洋、建设等有关行政主管部门在各自职责范围内主管有关的自然保护区。但在实际操作过程中，环保部的综合协调权限不明确，没有达到实质性的中央垂直管理，以分部门管理为主的自然保护区存在多职能部门交错管理、政务重复烦琐、工作效率低等问题。《中华人民共和国自然保护区条例》第二十一条规定，国家级自然保护区由所在地的省、自治区、直辖市人民政府有关自然保护区行政主管部门或者国务院有关自然保护区行政主管部门管理，地方级自然保护区由其所在地的县级以上地方人民政府有关自然保护区行政主管部门管理。但在实际操作中，无论是国家级还是地方级的自然保护区，基本上都是由地方政府负责保护区的日常管理工作，通常是成立专门的管理委员会或管理局。但地方政府多从地区利益及发展出发，无法从国家层面全面统筹规划自然保护区工作，加之基层管理机构设置不规范、资金缺乏，使得我国大多保护区管理薄弱、相关法律机制缺失、基础建设薄弱、信息监测和收集缺乏、监督核查机制缺乏。在我国以政府为主导进行保护区管理的背景下，现阶段主要有以下几种自然保护区管理模式。
1. 行政主管部门管理
我国大多数的自然保护区都拥有多种自然资源，其均由保护区所辖资源的对口部门进行管理，如保护区中陆生野生动物归林业部门管理，水生野生动物归渔政部门管理，保护区中的水域、水体及水工程归水利部门管理，水道和航道归水运部门管理等。此外，还有国家中央直接管理模式，如陕西佛坪保护区、四川卧龙保护区、甘肃白水江保护区等是由国家林业局直接投资建设和管理的自然保护区。
2. 行政与事业合一管理
卧龙自然保护区是目前全国唯一的“行政和事业管理功能”合一的自然保护区。该模式是在保护区内专门成立特别行政区，与国家林业局自然保护区管理局实行“两块牌子、一套班子、合署办公”的管理体制，并接受国家林业局和省政府的领导，省政府和国家林业局均委托省林业厅代管。
3. 多事业单位合一管理
有些自然保护区同时是风景名胜区，如黑龙江五大连池、四川九寨沟；有些自然保护区既是风景名胜区也是森林公园，如湖南张家界、黑龙江镜泊湖。相应地，这些保护区往往会涉及多个事业单位管理主体，如九寨沟景区有国家级自然保护区管理局和风景名胜区管理局，张家界景区有自然保护区管理局和国家森林公园管理处。景区的多头管理会导致管理混乱、无序及低效率，因而多管理主体合一成为必然趋势。如九寨沟国家级自然保区管理局和九寨沟风景名胜区管理局合并成立了九寨沟管理局，形成了“两块牌子、套人马、统一管理”的管理体制，九寨沟管理局成为经费全额自收自支的事业单位。
4. 学校、科研院所和地方政府共管
如广东鼎湖山自然保护区、湖南省乌云界自然保护区、八大公山国家级自然保护区等。充分结合高校、科研院所的研究特点及科研需求，联合各级政府共同出资建设管理保护区，可减轻国家财政压力，推进产学研合作共赢。一方面，保护区为学校、研究院所提供了天然场地和资源库供其研究；另一方面，有关自然资源的研究成果或经验，可帮助保护区维护自然资源和生态环境，促进其可持续发展。但在实际操作中，难免存在管理体制不清晰、机构重叠设置、管理沟通效率低的现象。
政府管理自然保护区仍然是当下各国自然保护区管理的主要模式，但政府直接管制的成本相对较高，且管理效率较低。随着社会各界生态环保意识的提高、民间环保力量的壮大，自然保护区可以探索和示范一些新的管理模式，如采取“保护区 + 社区”共管模式，充分发动当地社区居民力量，塑造其“绿水青山就是金山银山”的环保意识，让当地居民主动参与到保护区管理中，以实现保护区与社区共融发展；采取“合约托管 +政府监督”的模式，充分发挥 NGO、中华环保联合会、公益基金会等社会环保组织的资金力量、专业力量及擅长社区沟通等优点，将保护区部分管理委托给这些社会团体，政府发挥监督和提供政策支持的作用。
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